决定历史命运的鸟羽伏见之战，在维新军的强大攻势下，幕府一方兵败如山倒，纵使心有不甘，云集了诸多高手的新选组也不得不在历史潮流的面前低头，吞下战败的苦果。在某个夜晚，雪村千鹤（桑岛法子 配音）目睹了土方岁三（三木真一郎 配音）被罗刹之血所折磨的痛苦一刻。另一方面，战胜者渐次逼近江户，新选组必须在此之前撤出江户，前往会津。风云突变的紧要关头，土方岁三不辞而别，冲田总司的健康状况已经到了崩溃边缘，而近藤勇（大川透 配音）也传出了即将问斩的消息。
曾经风光一时的新选组，在时代更迭的浪潮中迎来了黯然的落幕时刻……百姓在哗然，星主边昌和首相陆明仁却被这接连两个打击打懵了，几乎散失了斗志，本来他们凭申屠信和童星光两个军区的军力对付卫柱国手下的三个军区就已经感到吃力了，现在这两个军区的镇守将军突然一死，还有谁能控制那两个军区？还怎么对抗卫柱国的大军？
